Joseph to chłopiec, który jako dziecko, z powodu drugiej wojny światowej, musiał udawać niemowę, by się nie zdradzić, że jest Żydem. Potem rodzice byli zmuszeni oddać go do hrabiny de Sully, gdyż zaczęto zabierać całe rodziny żydowskie, także i dzieci.
Kiedy jednak policja przeszukiwała dom szlachciców, ci zrozumieli, że chłopiec, przez to i oni, wcale nie jest bezpieczny. Oddali więc chłopca do ojca Pons. Tam Joseph dowiedział się, że ich wrogiem jest Gruby Jacques – żydowski zdrajca przemieszczający się samochodem Gestapo. To on „wskazuje nazistom rozpoznanych przez siebie Żydów, żeby ich zatrzymali”. I właśnie ten człowiek jechał za księdzem i dzieckiem. W tym momencie duchowny prosił chłopca o opowiedzenie żartów, co tylko zdegustowało Grubego. Pons wjechał w jedną z ciasnych uliczek, przez co zgubił jadące za nimi auto. Wtedy ojciec prosił już o zaprzestanie rozśmieszania go, nad czym ubolewał młodziak.
Zapadał zmierzch, a oni dalej jechali przed siebie. W sumie przejechali 35 km i dotarli do wsi ojca księdza – Chemlay. Tam, od strony piwnicy, weszli do pomieszczenia, w której świeciła oliwna lampa. Aptekarka – Mademoiselle Marcelle przeraziła swojego małego gościa, gdyż nie widział w niej kobiety, a jedynie czarownicę mającą ochotę go pożreć. Od razu rzekła, że wystawi chłopcu dokumenty na inne nazwisko, by nie było żydowskie. Joseph miał się już nie nazywać Bernstein, ale Bertin. Ksiądz zostawił go u niej na kilka dni. Tam belgijska, wykształcona kobieta zadbała o jego stan fizyczny, czyli zdrowie i urodę.
W międzyczasie dowiedział się, że będzie o prawie dwa lata młodszy, a dodatkowo sierotą, gdyż rodzice umarli śmiercią naturalną – na grypę. Urodził się zaś w Antwerpii. Ponadto aptekarka sprytem zdobyła dodatkowe kartki na żywność dla Żółtej Willi, gdzie przybył ukryć się chłopczyk.
W tym nowym miejscu młodzi nie tylko mieszkają, ale i się uczą. I tak malec stał się pensjonariuszem. Jego opiekunem był Rudi. Przyjaźń między nimi nawiązała się dość szybko. To ten wysoki Żyd pomógł mu z powrotem dostać się do wewnątrz internatu, gdy Joseph skończył z zabawą w śledczego. Mały chłopiec sypiał na „żelaznym łóżku, między zimnymi prześcieradłami, pod okazałym sufitem naszej sypialni, na materacu tak cienkim, że kości dotykały metalowych sprężyn”. Zaczął się nieco moczyć i czuć samotny.
Jednak ten rzekomo sześciolatek nie poddał się i w końcu poznał tajemnicę ojca Ponsa, którą była synagoga. Zawarł umowę z księdzem. Od teraz miał udawać chrześcijanina, a duchowny będzie mu opowiadał Torę, Misznę i Talmud oraz razem będą uczyć się hebrajskiego. Dzięki temu wszystkiemu przyjęli rolę Noego. Hitler to potop, a oni ratują to, co żydowskie, cygańskie i chrześcijańskie. To była ich tajemnica. Oczywiście Rudi o niczym nie wiedział.
W 1943 roku policja parę razy zawitała do Żółtej Wilii. Dzieci były poddawane kontroli tożsamości zgodnie z wiekiem. To byli Belgowie, a ksiądz od nich obawiał się bardziej Gestapo. To dzięki chłopcu i aptekarce żydowskie dzieci, wraz z dwójką innych młodych będących wcale nie przeciwko Hitlerowi, nie przyjęły Komunii Świętej. Joseph nawet chciał zostać chrześcijaninem, ale ojciec Pons wolał, by został tym, kim faktycznie jest. To w czasie komunii Gestapo wdarło się do internatu. Na szczęście chorzy byli w tym czasie w infirmerii, a wartę pełniła Marcelle udająca chorą. Przeraził ich jej i dzieci widok, więc się wycofali.
Po tym wszystkim wzrosła obawa księdza, że wrócą i każą wszystkim się rozebrać, by przekonać się, kto jest obrzezany. Zrazu zostali przyłapani podczas kąpieli przez niemieckiego oficera, ale ten, widocznie o dobrym sercu, nakazał księdzu kupić im cukierki i wręczył mu banknot. Ksiądz odzyskał nieco wiary w ludzkość.
Pewnego dnia Joseph spostrzegł kogoś na traktorze. Jechał on nieopodal Żółtej Willi. Mężczyzna przypominał mu jego rodzonego ojca, choć chłopak i Rudi uznali, że to nie może być on. Po latach okazało się, że wzrok dobrze podpowiadał chłopcu.
Kiedy Amerykanie i Rosjanie wkroczyli do walki, Gestapo schwytało Mademoiselle, która nie omieszkała ich powyzywać. Nie ugięła się nawet podczas tortur. Wobec tego naziści przeszukali jej dom i znaleźli negatywy zdjęć fałszowanych papierów z Żółtej Willi. Wieczorem przybyli i otwierali paszporty w celu rozpoznania oszustów. W przeciągu 20 minut wszystkie żydowskie dzieci znalazły się w jednym pomieszczeniu. Ksiądz przekonał Gestapo, by przyszli po dzieci jutro.
Wychowawcy zaczęli bić się nawzajem, gdyż ojciec uknuł spisek. Miało wyglądać to tak, iż Pons zawiadomił partyzantów, z którymi ci seminarzyści stoczyli bójkę. Potem ksiądz przywiązał ich do krzeseł, po czym im za wszystko podziękował.
Ksiądz z dziećmi skrył się w kaplicy, uprzednio niszcząc ślady, które pozostawiają buty. Problemem były podstawowe potrzeby fizjologiczne, ale taka była ich arka. Potem partyzanci stopniowo zabierali dzieci, każde gdzie indziej, by były bezpieczne. Joseph nie zdążył być zabrany, ponieważ wcześniej Bruksela została wyzwolona przez Anglików.
Partyzanci wypuścili ich z synagogi i wszyscy radośnie skakali po ulicach Chemlay. Tak też chłopiec znów miał więcej lat, bo 9 i cieszył się z księdzem do samego wieczoru. To był 4 września 1944 roku. Od tego dnia główny bohater wierzył, iż wyzwolono Brukselę, bo prosto z mostu wyznał, jak bardzo kocha ojca Ponsa.
Niestety, kolejne dni okazały się jeszcze bardziej brutalne. Dzieci wróciły do Żółtej Willi i ponownie zakazano opuszczenia jej terenu. Mimo tego z Rudim wchodzili na gałęzie drzewa i byli świadkami jak potraktowano niemieckiego oficera, który wtedy, pod prysznicem, udał, że nic nie widział, dzięki czemu uratował żydowskie dzieci. Wygłodniali czekali na koniec tych wydarzeń. Nie wiadomo, co się stało z aptekarką, którą wywieziono gdzieś na wschód.
Dziewięciolatek znowu zaczął się moczyć. Strach przed tym, co mogło mu się stać, nie dawał mu spokoju. Przypomniał sobie obraz traktorzysty i zadawał pytania o ojca i matkę. Tęsknił za nimi. Wpatrywał się na gwiazdę, którą jego mama nazywała „gwiazdą Josepha i mamusi”.
Ojciec Pons nie miał już tyle czasu dla niego, albowiem zajęty był poszukiwaniem rodziców dzieci, które uratował. Dużo zostało sierotami. Nawet do Rudego przybyła jego matka, całkiem niepodobna do tej, sprzed wojny. Wyglądem przypominała „staruszkę, prawie łysą, o nieruchomym bojaźliwym bladym i szarym spojrzeniu, której kościste ciało, szerokie i płaskie, rysowało się pod wełnianą sukienką”.Obóz w Auschwitz zmienił nie tylko jej wygląd, ale także zachowanie, o czym świadczy fragment o tym, że „Rudi osłupiał ze zdziwienia: miał przed sobą już nie władczą matkę, ale małą dziewczynkę pilnującą swojej miski”. Z trudem udało się synowi przekonać ją, aby zagrała. A muzyka była piękna.
Z czasem wydała się tą sprzed lat. Później stwierdziła, że choć Chopin nie przeżył tego, co oni, to przeczuwał te wydarzenia. Po pewnym czasie matka Rudiego doszła znacznie do siebie, a syn zaczął chętnie się uczyć. Okazało się, że bardzo lubi matematykę.
Co niedziela odbywały się zebrania ukrywanych dzieci, by ukazać je ludziom poszukującym swoje lub bliskich pociechy. Matka Josepha nie przychodziła po niego. Nie było wiadomo, czy jego rodzice w ogóle przeżyli. Podczas drogi do wioski, gdzie był zaproszony na herbatę, ujrzał w dali dwie postacie. Jedna z nich miała płaszcz jego matki. Rzucił się w ich stronę. Rozpoznali w nim syna i to mimo że minęły 3 lata od ich ostatniego spotkania. Dowiedział się, że hrabia z hrabiną zniknęli i nie łatwo było im odszukać syna.
Wraz z rodziną Joseph powrócił do Brukseli. Ciężko było mu jednak rozstać się z ojcem Ponsem, którego pokochał niczym własnego tatę.
Rodzice nie chcieli słyszeć, że ich syn chce być katolikiem. Za to chcieli jak najszybciej się dorobić. Uciekł więc z domu i wrócił do Żółtej Willi, a dokładniej do kaplicy. Tam został przekonany przez księdza, iż ma być posłuszny woli rodziców, a później sam wybierze wiarę.
Gdy dorósł, przejął interes ojca i przekazał religię żydowską swoim dzieciom. Nigdzie jednak nie czuł Boga tak, jak w tym wiejskim kościółku podczas wojny. Wciąż też odwiedzał ojca Ponsa. W Chemlay, jednej z ulic nadano nazwę Mademoiselle Marcelle, osoby, która nigdy już nie wróciła.
Później ojciec Pons odwiedził prawdziwą synagogę, a to dzięki ślubowi Josepha z Barbarą i bywał gościem w jego domu. Nie zrezygnował z wizyt nawet wtedy, gdy parze narodziły się dzieci. A mimo to główny bohater z chęcią wracał, zresztą nie tylko myślami, do Żółtej Willi i krypty. Za każdym razem, gdy jakiś naród był zagrożony, ojciec Pons był jak Noe, który gromadził w tym miejscu dane o jego kulturze, wierze i języku.
Ojciec Pons otrzymał tytuł „Sprawiedliwy wśród Narodów Świata” w 1983 roku. Jednakże umarł przed przyznaniem mu tej nagrody.
Joseph z Rudim zostali przyjaciółmi i brali udział w odbudowaniu Izraela. Pewnego dnia przyjaciele spacerowali po ścieżce lasu, który w Izraelu nosi jego imię. A kiedy byli świadkami konfliktu między Żydami i Palestyńczykami, Joseph stwierdził, że założy kolekcję, tym samym przejmie rolę nie tylko Noego, ale i ojca Ponsa.