Baśń o Kleksie ukazuje odbiorcy niespotykaną szkołę i wyjątkowego wychowawcę. To miejsce, w którym dzieci uczą się wiary w siebie i swoje możliwości. Rozwijają one swą dziecięcą wyobraźnię, ciekawi poznają świat, a do tego nabywają poczucia odpowiedzialności i zaradność oraz poznają, czym jest przyjaźń. Również rodzice nie mają obiekcji do sposobów wychowawczych i nauczania, gdyż ufnie pozostawiają swe pociechy pod wychowanie pana profesora.
Założyciel Akademii to z pewnością dziwak jakich mało. Mimo swojej nadzwyczajności okazał się osobą wszechstronną, jednocześnie badaczem otoczenia i jego stworzycielem – czarodziejem, dlatego że to za jego sprawą Adam z roztargnionego zamienia się w zaradnego chłopca.
Pełne emocji są zajęcia w szpitalu chorujących sprzętów. W czasie ich trwania profesor ukazuje uczniom, czym jest subtelność. Tego nie uczą się młodzi w zwykłych szkołach. Nie wiedzieć czemu, typowi nauczyciele stronią od tych, jakże ludzkich, tematów na swoich lekcjach.
Historia prowadzącego Akademię jest nie tylko głównym wątkiem dzieła Brzechwy, ale też powiązana z Adasiem Niezgódką – jego uczniem. Ten rudzielec fascynuje się Kleksem, a pobyt w Akademii uznaje za radosny etap swojego życia. To dzięki niej ma możliwość latać, odwiedzić Psi Raj, prządź litery, a nawet ożywić marionetkę.
Tutaj jednak pojawia się podstęp Filipa – konstruktora. Przez jego knucia Ambroży zaczyna maleć, a Alojzy dokucza innym uczniom. Akademia już nie jest taka jak wcześniej. Dochodzi do tego, iż ten przybysz kradnie i niszczy sekrety kierownika szkoły. Okazuje się, iż to już zbyt wiele i pan Kleks rozmontowuje go, po czym chowa do walizki. Krok ten złości stworzyciela Alojzego, który zabiera światła z choinki i ogłasza rychłe zniszczenie profesora. Wychowawcza przewidział ten krok i dlatego zaprosił chłopców na Wigilię, by móc się z nimi pożegnać.
W książce polskiego skryby ważny jest także Mateusz, który to z księcia przeistoczył się w szpaka. To dla niego Niezgódka zbierał guziki. Pod koniec wychodzi na jaw, iż poszukiwanym guzikiem był sam założyciel wyjątkowej szkoły i dzięki niemu Mateusz mógł powrócić do ludzkiej postaci.
„Akademia pana Kleksa” to w istocie nietuzinkowa opowieść. To w niej obok realizmu pojawia się fantazja. Najważniejszy z osób jest pan Kleks, bez niego nie byłoby szkoły. To tajemniczy człowiek, przez co inni snują przeróżne domysły na jego temat. Adaś nawet pomyślał, iż profesor powstał z plamy, stąd jego nazwisko. Któż to wie? W końcu – jak zauważył szpak opiekujący się młodymi – wszystko jest możliwe.